鹿耳門公館，為一全面中央空調的四層樓建物。樓下一樓為國際會議廳；二樓以上為香客樓，恢復以往古鹿耳門公館之功能，提供全台參香信眾住宿用；二樓廂房之間為一開放性露天中庭，適合舉辦夜間性同樂活動。本棟歷史性建築物，所有木質門窗，全部取自古建築遺物，或說此重建「鹿耳門公館」 之價值之一，就在此古典門窗之美！

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